Les Capparidées ont des relations avec les Crucifères par leur graine mûre sans albumen et dont la plantule est pliée ou enroulée, par les cotylédons de la plantule qui renferment de la myrosine, par la structure du pistil à deux carpelles et dont les ovules sont insérés sur les bords de l'ovaire, enfin par les genres de Capparidées (Capparis, par exemple), qui ont 4 sépales et 4 pétales comme les Crucifères.
Les Capparidées se relient moins nettement aux Papavéracées par les Capparis, qui ont 4 pétales et de nombreuses étamines à anthères tournées vers l'intérieur de la fleur; elles se joignent plus étroitement aux Résédacées comme nous le verrons à propos de cette Famille.