Les vingt genres de notre Flore sont tous étroitement reliés par l'organisation si particulière de la fleur et dix-neuf d'entre eux ont une seule étamine. Le genre Cypripedium, qui en présente 2, doit être mis à part ; on peut cependant établir une relation avec le genre Orchis dont certaines espèces, comme l'Orchis montana, ont montré des fleurs anormales ayant 2 étamines disposées comme dans le Cypripedium.
Les genres d'Orchidées à une étamine peuvent se répartir en deux grands groupes. Le premier de ces groupes comprend les genres qui ont en commun les caractères suivants : anthère faisant corps avec la colonne stamino-stylaire, masses polliniques compactes munies de filets gélatineux, tubercules entiers ou divisés. Dans ce groupe se trouvent trois genres chez lesquels les filets des deux masses polliniques sont fixés à une même petite pelote visqueuse, ce sont les genres Aceras, Serapias et Loroglossum. Cinq autres genres (Orchis, Ophrys, Nigritella, Herminium, Chamorchis) ont les masses polliniques attachées par leurs filets à deux petites pelotes distinctes. L'Aceras et les Serapias se rapprochent par leur labelle sans éperon, tandis que le Loroglossum en est pourvu et se relie ainsi directement au genre Orchis dont il ne se sépare guère que par son labelle en lanière. Ce dernier genre a beaucoup de rapports avec le genre Nigritella, à labelle également éperonné, mais tourné vers le haut, caractère que l'on retrouve dans le genre Epipogium cité plus loin. Dans le genre Ophrys, les pelotes visqueuses sur lesquelles s'insèrent les masses polliniques sont enveloppées d'une sorte de petite bourse, ce qui crée une liaison avec de nombreuses espèces du genre Orchis et les trois genres énumérés en premier lieu. Par contre, les pelotes visqueuses sont nues dans les genres Herminium et Chamorchis si voisins l'un de l'autre que plusieurs auteurs les réunissent en un seul, dans le Nigritella et dans divers Orchis.
On peut établir un deuxième grand groupe avec les genres offrant une anthère distincte de la colonne stamino-stylaire et, le genre Epipogium mis de côté, tous présentent des masses polliniques sans filets gélatineux. Les Corallorhiza, Malaxis et Liparis forment un petit groupe caractérisé par des masses polliniques très compactes et cireuses comme celles de l'Epipogium qui, par ses parties souterraines en forme de corail, se relie surtout au genre Corallorhiza, alors que les Malaxis et Liparis ont de petits bulbes solides enveloppés d'écailles.
FIG. 35. Liaisons entre les genres d'Orchidées. La surface de chaque cercle correspondant à un genre est proportionnelle au nombre des espèces que renferme ce genre dans notre Flore. Les traits pleins qui joignent les cercles les uns aux autres indiquent les liaisons importantes entre les genres et sont d'autant plus courts que ces liaisons sont plus grandes. Les traits interrompus indiquent des relations moins importantes. Les traits pointillés se rapportent à des liaisons plus lointaines.
Un autre petit groupe renferme les sept derniers genres chez lesquels les masses polliniques sont molles et granuleuses. Les genres Limodorum et Neottia montrent des rapports avec les genres Corallorhiza et Epipogium par l'absence de véritables feuilles. Les Listera, Spiranthes, Goodyera, Epipactis et Cephalanthera sont des plantes feuillées. Le genre Listera se rapproche du genre Neottia par le labelle en languette divisée en deux lobes au sommet. Dans les Cephalanthera et Epipactis le labelle est rétréci et comme articulé au milieu, mais le premier de ces genres se sépare du deuxième et des autres genres du groupe par ses masses polliniques non fixées. Les Spiranthes, remarquables par leur épi contourné et leurs tubercules allongés, ont quelques rapports avec les Listera et leur labelle est indivis comme celui du Goodycra, mais en diffère par sa forme.
Les Orchidées ne se rattachent à aucune famille de notre Flore. Elles ont quelques liens de parenté avec des familles exotiques telles que les Cannacées et les Zingibéracées qui ont aussi des fleurs irrégulières, une seule étamine développée et un ovaire adhérent, parfois à une seule loge. Une autre liaison s'établit avec les Burmanniées par la graine à enveloppe lâche, à embryon indifférencié et sans albumen.